? 半島全媒體記者 徐杰 報道
半島都市報2月22日訊 22日,記者從青島海洋科學與技術國家實驗室獲悉,自2016年12月投入應用一年來,我國海洋科研領域運算速度最快的高性能科學計算與系統仿真平臺——P級“超級計算機”,在海洋環境預報和海洋藥物篩選領域發揮了重要作用。其中,海洋預報分辨率已達到10公里級,預報時效可延伸至30天;并初步完成了170個抗腫瘤藥物靶點與1800萬生物小分子的篩選,實現了每兩天完成一個靶點與1800萬生物小分子的對接。
據介紹,借助“超級計算機”的超強計算能力,海洋國家實驗室在全球率先實現了對西太平洋、印度洋和中國南海“兩洋一海”區域的海洋氣象環境預報,預報時間從常規一周內,擴展到可預警30天內的災害性海洋狀況,預報的分辨率也從以往的35公里精進到10公里以內,比國際上先進的海洋預報還要精確數十倍。
除了海洋預報,如今P級超算已成功應用于海洋藥物篩選。海洋國家實驗室超算平臺工作人員介紹,人類19000個基因可以編碼出20萬個蛋白質,其中可以與藥物結合的“靶點蛋白”有893個。截至2017年底,超算平臺已經初步完成了對893個藥物靶蛋白中的170個抗腫瘤靶點的虛擬篩選。這個計算量到底有多大?工作人員舉例說,在普通計算平臺上要找到這170個抗腫瘤藥物靶點至少也要耗時幾十年,而海洋國家實驗室的超級計算機只用了大約半年時間。
據了解,海洋國家實驗室的遠期目標是將893個藥物靶蛋白與4000萬個可以用于制藥的生物小分子進行對接。這項工作的計算量在目前的超算平臺大約要耗時22年,如果將來E級超算建成,可以在3至4個月內完成。目前,海洋國家實驗室海洋創新藥物篩選與評價平臺、高性能科學計算與系統仿真平臺、青島海洋生物醫藥研究院、中國海洋大學、江蘇理工大學已經聯合提出了“智能超算藥物組學計劃”,藥物計算系統軟件已在超算平臺平穩運行,能夠實現兩天內對1800萬個分子的篩選。同時,項目組還建立了含有近萬個分子的海洋化合物庫。
[編輯: 張珍珍]
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